Cuenca del Lago de Yojoa incluye el único lago de origen volcánico en Honduras. En 2021, Honduras amplió el área del sitio de 43,640 a 44,253.94 hectáreas. Está formado por 16 ecosistemas sirviendo de refugio para una amplia diversidad de especies acuáticas y terrestres incluyendo el 55% de las aves, el 44.2% de los anfibios y el 43.6% de los reptiles presentes en el país. El sitio, una cuenca hidrográfica protegida por ley nacional, brinda refugio y hábitat a especies incluidas en la lista roja de UICN como Dendrotriton sanctibarbarus y la rana-dedos delgados de Guatemala (Plectrohyla guatemalensis) ambas clasificadas como en peligro crítico. También se encuentran especies vulnerables como el mono-araña centroamericano (Ateles geoffroyi) y el colibrí esmeralda (Amazilia luciae) una especie endémica del sitio.  Las principales amenazas son la deforestación, la ganadería extensiva, el avance de la frontera agrícola y la introducción de especies exóticas.