Las ciénagas y turberas de las montañas de Bugey están formadas por un total de 41 humedales, entre los que discurren de norte a sur las crestas de las montañas meridionales del macizo del Jura. Este Sitio incluye una amplia gama de entornos naturales, como bosques, turberas, ciénagas, praderas secas, lagos glaciares y estanques. Este mosaico de entornos sustenta una variedad de hábitats en los que se encuentran varias especies de plantas y animales amenazadas a escala mundial, nacional y regional. El Sitio alberga treinta y cinco especies vegetales amenazadas a escala regional o nacional, entre ellas, especies como la orquídea Liparis de Loesel (Liparis loeselii) y el lirio de Siberia (Iris sibirica). Entre las aves que utilizan el Sitio, 19 especies figuran en la Lista Roja de la UICN y están amenazadas a escala nacional. La agachadiza común (Gallinago gallinago), la cigüeña negra (Ciconia nigra) y la cigüeña blanca (Ciconia ciconia) utilizan el Sitio para sus escalas migratorias, mientras que varias especies de aves paseriformes utilizan estos humedales para anidar. En un arroyo situado en el corazón de uno de los humedales está presente una gran población del cangrejo de río de patas blancas (Austropotamobius pallipes), especie en peligro de extinción. Las ciénagas y turberas de las montañas de Bugey proporcionan servicios ecosistémicos especialmente importantes en términos de recursos hídricos, almacenamiento de carbono y oportunidades para actividades recreativas. Las operaciones de drenaje, el aumento del turismo y el cambio climático han afectado a los humedales. Sin embargo, ya se han llevado a cabo numerosas operaciones de restauración medioambiental, que han contribuido a restablecer determinadas funciones ecológicas, y están previstas futuras actuaciones.