Le Site comprend cinq lagunes méditerranéennes : Bages-Sigean, Ayrolle, Campignol, Gruissan et La Palme. Bien qu’alimentées par de l’eau douce, elles sont reliées à la mer, le grau de l’Ayrolle et le grau de La Palme étant les dernières connexions naturelles avec la mer sur la côte méditerranéenne française. De vastes zones de végétation lagunaire et une salinité variable caractérisent les étangs et créent divers milieux tels que des roselières, des jonchaies, des marais salés, des steppes salées et des dunes fixes. La proximité entre milieux humides et milieux très secs, notamment sur les îlots calcaires, est également une particularité du site. Ces divers habitats ont une grande valeur en tant que sites d’hivernage et de reproduction pour les oiseaux, ainsi qu’en tant que haltes et sites d’alimentation pour les espèces migratrices. Le Site est potentiellement menacé par la dégradation de la qualité et de la circulation de l’eau dans les lagunes, l’augmentation des impacts humains et le recul des roselières. Le développement touristique et surtout les activités nautiques menacent les écosystèmes très sensibles du Site, tels que les dunes et les steppes salées.