Le site se compose de différents types de zones humides, notamment l’estuaire de la rivière Maruyama qui s’étend sur plus de 16 kilomètres vers l’intérieur, les rizières à paddy environnantes, la zone humide artificielle de Toshima et la zone humide de Kaya qui a été construite dans le cadre d’un projet de restauration d’une zone naturelle. Le site est célèbre pour la réintroduction réussie, à partir de 1955, de la cigogne orientale (Ciconia boyciana) en danger. L’espèce était alors éteinte dans la région biogéographique. La population de cigognes, dans le site et aux alentours, a augmenté et les cigognes utilisent les zones du voisinage pour se nourrir et nicher. En conséquence, le site a été agrandi pour passer de 560 à 1094 hectares et assurer ainsi une meilleure protection à l’espèce. Les zones humides très diverses sont un habitat de frai et de croissance idéal pour différents poissons, en particulier des espèces menacées comme l’anguille du Japon (Anguilla japonica) menacée au niveau mondial, Oryzias sakaizumii, vulnérable au plan national et Cottus kazika. Le site offre aussi un habitat adapté à la grenouille Pelophylax nigromaculatus et à la loche baromètre Misgurnus anguillicaudatus, dont se nourrit la cigogne. La population de la ville de Toyooka dépend de la basse Maruyama pour l’eau utilisée à des fins domestiques, industrielles et agricoles, et comme source alimentaire grâce aux pêcheries.