Les marais et tourbières des montagnes du Bugey comprennent au total 41 zones humides, traversées du nord au sud par les crêtes du Jura méridional. Le Site comprend un large éventail de milieux naturels, notamment des forêts, des tourbières, des marais, des prairies sèches, des lacs glaciaires et des étangs. Cette mosaïque de milieux abrite une variété d’habitats dans lesquels vivent nombre de plantes et d’animaux menacés au niveau mondial, national ou régional. Trente-cinq espèces végétales menacées au niveau régional ou national sont présentes, notamment des espèces telles que le liparis de Loesel (Liparis loeselii) et l’iris de Sibérie (Iris sibirica). Parmi les oiseaux qui fréquentent le Site, 19 espèces figurent sur la Liste rouge de l’UICN et sont menacées au niveau national. La bécassine des marais (Gallinago gallinago), la cigogne noire (Ciconia nigra) et la cigogne blanche (Ciconia ciconia) utilisent le Site comme halte migratoire, tandis que plusieurs espèces de passereaux y nichent. Une importante population d’écrevisses à pattes blanches (Austropotamobius pallipes), une espèce menacée, vit dans un ruisseau situé au cœur de l’une des zones humides. Les marais et tourbières des montagnes du Bugey fournissent des services écosystémiques particulièrement importants en ce qui concerne les ressources en eau, le stockage du carbone et les possibilités d’activités récréatives. Des travaux de drainage, l’augmentation du tourisme et le changement climatique ont eu ou ont encore un impact sur ces zones humides. Toutefois, de nombreuses opérations de restauration environnementale ont déjà été menées, contribuant à rétablir certaines fonctions écologiques, et d’autres actions sont prévues.