El sitio se localiza en el rio Amazonas al sur del país y se compone por varios lagos interconectados entre sí mediante ríos y arroyos. Los Lagos de Tarapoto sustentan especies de plantas  y animales  como las ceibas (Ceiba pentandra), caimanes negros (Melanosuchus niger), 136 especies de peces, incluyendo el pez de agua dulce más grande que se conoce, el pirarucu (Arapaima gigas), y más de 153 especies de aves. Los delfines grises y rosados (Inia geoffrensis y Sotalia fluviatilis) usan el sitio como hábitat para enseñar  a sus crías a pescar. También alberga mamíferos amenazados como el tapir (Tapirus terrestris), el armadillo gigante (Priodontes maximus), el manatí amazónico (Trichechus inunguis), la nutria gigante (Pteronura brasiliensis) y el oso hormiguero (Myrmecophaga tridactyla). Esta gran biodiversidad y en particular sus recursos pesqueros sustentan a las 22 comunidades del resguardo indígena TICOYA (Ticuna, Cocama y Yagua). Este ecosistema además provee importantes funciones tales como el control de inundaciones y erosión, transporte fluvial, recreación y turismo. La designación del Complejo de Humedales Lagos de Tarapoto como humedal de importancia internacional fue alcanzada tras completar el proceso de consulta y el acuerdo entre autoridades indígenas, nacionales y regionales para proteger el sitio.