Le site comprend de nombreux écosystèmes tels que des mangroves et la végétation côtière associée, des herbiers marins, des plages de sable blanc et un système de récifs complexe entourant l’île de Guanaja. Il abrite des espèces représentatives de la région, certaines figurant sur la Liste rouge de l’UICN et considérées vulnérables comme le crocodile d’Amérique (Crocodylus acutus) et la caouanne (Caretta Caretta) ou en danger critique d’extinction comme les coraux corne de cerf (Acropora cervicornis) et corne d’élan (Acropora palmate). La mangrove accueille aussi une faune et une flore extrêmement diverses, notamment 146 espèces d’oiseaux tels le pélican brun (Pelecanus occidentalis), la sterne de Dougall (Sterna dougallii) et le faucon pèlerin (Falco peregrinus). Dans les écosystèmes marins du site s’abritent et se nourrissent des dizaines d’espèces marines comme le mérou géant (Epinephelus itajara), le grand dauphin (Tursiops truncatus), la raie Urobatis jamaicensis et le requin nourrice atlantique (Ginglymostoma cirratum). Le site fournit aussi des services écosystémiques pour les quelque 1000 personnes vivant sur l’île de Guanaja, qui dépendent en majorité de la pêche industrielle et de la pêche artisanale à la langouste et au lambi. Grâce au paysage unique et à la riche biodiversité, le site est un lieu de loisirs et d’écotourisme. Toutefois, sa valeur écologique est sous la menace constante des phénomènes climatiques extrêmes – témoin l’ouragan Mitch qui, en 1998, a considérablement affecté les mangroves de la région – qui se conjuguent à la pollution croissante de l’eau faute de système d’assainissement adéquat et au développement anarchique.