La zone humide comprend deux lagunes très proches de la côte méditerranéenne. Séparées par une bande de terre, elles ont des niveaux de salinité très différents ; la lagune de Torrevieja est exploitée pour le sel depuis le 13e siècle, à la différence de la lagune de Mata qui reçoit régulièrement de l’eau douce des montagnes voisines. Ces caractéristiques ont permis le développement d’une faune et d’une flore diverses comptant environ 400 taxons et, parmi eux, plusieurs espèces endémiques et menacées. Les espèces d’oiseaux sont particulièrement importantes : on y a répertorié dix espèces menacées et des effectifs d’importance internationale du goéland d’Audouin (Ichthyaetus audouinii) qui s’y reproduit et qui est menacé au plan national. La présence d’Aphanius iberus (aphanius d’Espagne, appelé localement fartet), une espèce endémique en danger au niveau international, est également à noter. Les effets du tourisme et des activités de loisirs ainsi que les phénomènes météorologiques extrêmes liés aux changements climatiques exercent des menaces sur le site. Un centre d’accueil des visiteurs propose des programmes pédagogiques mettant en valeur les caractéristiques écologiques du site.