Este sitio comprende una parte del mar de Väinameri, la bahía de agua salobre de Matsalu y sus aproximadamente 50 islas e islotes, carrizales, praderas costeras y la parte baja de la llanura de inundación del río Kasari. Matsalu contribuye considerablemente a la biodiversidad de toda la región boreal, ya que alberga más de 780 especies de plantas vasculares, 280 de aves, 49 de peces y 40 de mamíferos. Cabe destacar las poblaciones de aves acuáticas nidificantes y migratorias, ya que se ha documentado la presencia de hasta 230 000 individuos de estas. Concretamente, se han registrado números de ejemplares importantes a escala internacional del ánsar chico (Anser erythropus) y la barnacla cariblanca (Branta leucopsis), clasificados como Vulnerables a escala mundial, y del cisne silbador (Cygnus columbianus), vulnerable a escala nacional, entre otras especies. Más de la mitad de las especies de peces observadas en Estonia se pueden encontrar en el sitio. Las praderas de inundación y la bahía son importantes lugares de desove para especies como el lucio europeo (Esox lucius) y la perca (Perca fluviatilis). Las principales amenazas para la zona son la presencia del chacal dorado (Canis aureus), una especie invasora, y las actividades agrícolas y de drenaje. El centro de visitantes “Penijõe Manor” organiza actividades educativas y de conservación y recibe unas 20 000 visitas al año.