La Laguna de Olomega consta de un espejo de agua, el mayor cuerpo de agua dulce natural del este de El Salvador, y dos pequeños islotes, además de un bosque de manglar, pantanos herbáceos y remanentes de bosque seco tropical. Los ecosistemas del sitio sustentan una comunidad diversa de especies, con más 100 especies de flora registradas, incluyendo 37 especies de vegetación acuática y especies vulnerables como el cedro (Cedrela odorata), la caoba (Swietenia macrophylla) y el mangle dulce (Bravaisia integerrima) catalogada como En Peligro de extinción a nivel nacional. En cuanto a fauna, se han registrado 127 especies de aves, 56 mamíferos, 17 reptiles, 13 peces y 5 anfibios incluyendo especies catalogadas como vulnerables como el cocodrilo americano (Crocodylus acutus) y En Peligro como el mono-araña centroamericano (Ateles geoffroyi) y la rana de quebrada (Ptychohyla salvadorensis). El sitio es fundamental para las poblaciones aledañas que dependen de el para alimento además de control de inundaciones y purificación del agua. Entre las principales amenazas al sitio se encuentran la contaminación de sus aguas, pesca excesiva y cambio de uso de suelo por la presencia de ganado, deforestación e incendios forestales.