El lago Magui está formado por una gran depresión en la cuenca Térékolé-Kolimbiné que recibe agua de los ríos Térékolé, Djéli Mahé y Kolimbiné. La laguna recibe agua de todo este sistema de cuencas hidrográficas. La vegetación que rodea al lago está muy deteriorada y dominada por especies espinosas. El paisaje presenta matorrales de sabana y vegetación continental escasa, ambos gravemente afectados por las actividades humanas. A pesar de las presiones ambientales, persisten los árboles de sabana a lo largo del lago. El Sitio alberga especies de aves acuáticas, entre ellas, el correlimos común (Calidris alpina) y la jacana africana (Actophilornis africanus). Si bien las poblaciones grandes de especies silvestres han disminuido debido a las variaciones climáticas e intensas presiones humanas, el Sitio sigue siendo una zona de paso importante para las aves que migran hacia el delta interior del Niger. A lo largo de los años, el crecimiento de la población, la agricultura insostenible, la pesca, la caza y el pastoreo han perturbado significativamente el equilibrio ecológico de la zona. Las sequías han disminuido la productividad vegetal y el flujo de agua hacia el lago. Además, en su búsqueda de humedales fértiles, las comunidades han explotado ampliamente llanuras, cauces de arroyo y marismas temporales, lo que ha exacerbado aún más el deterioro ambiental.