El sitio está localizado en la región biogeográfica del Amazonas y comprende un corredor que conecta la Reserva de Producción Faunística Cuyabeno, con el Parque Nacional Yasuní, uno de los hotspots de biodiversidad más importantes del mundo. Este importante complejo contiene varios tipos de humedales entre los cuales destacan los Bosques inundables del Cuyabeno, ríos permanentes, lagos y estanques. Con más de 770,000 hectáreas, este complejo de humedales es el sitio Ramsar más grande de Ecuador. Alrededor de 1,500 especies de plantas, 600 especies de aves y 167 especies de mamíferos se encuentran en este sitio. También alberga comunidades ecológicas de Palma del Moriche o Morete (Mauritia flexuosa), y especies de plantas endémicas y vulnerables como las hierbas terrestres Reldia multiflora y Nautilocalyx glandulifer. Resalta la presencia de mamíferos acuáticos amenazados, como el manatí amazónico (Trichechus inunguis), nutrias gigantes (Pteronura brasiliensis) y delfines de río (Inia geoffrensis y Sotalia fluviatilis). Comunidades que pertenecen a seis nacionalidades autóctonas de Ecuador (Cofán, Kichwa, Huaorani, Shuar, Secoyas y Sionas) dependen directamente de los recursos naturales del Sitio. El sitio provee de agua dulce y es importante para actividades como el turismo y la pesca. Entre las principales amenazas al sitio se encuentran la exploración y perforación petrolera y de gas natural, caza y pesca, la presencia de especies invasoras y cambios en el uso de suelo.