El sitio alberga numerosos ecosistemas como los manglares con vegetación costera asociada, praderas de pasto marino, playas de arena blanca y un complejo sistema Arrecifal que rodea la isla de Guanaja. Sustenta especies representativas de la zona destacando la presencia de especies que figuran en la Lista Roja de UICN como el cocodrilo americano (Crocodylus acutus) y la tortuga (Caretta Caretta), clasificados como Vulnerables; y corales como Acropora cervicornis y Acropora palmata ambos clasificados como En Estado Crítico. De igual manera, el bosque de Manglar alberga una considerable variedad de especies de fauna y flora incluyendo 146 especies de aves como el Pelicano Café (Pelecanus occidentalis), el Gaviotín Rosado (Sterna dougalli) y el Halcón peregrino (Falco peregrinus). Los ecosistemas marinos del sitio brindan refugio y alimentos a decenas de especies marinas como el mero gigante del atlántico (Epinephelus itajara), el delfín nariz de botella (Tursiops truncatus), la raya amarilla (Urobatis jamaicensis) y el tiburón enfermera o gata (Ginglymostoma cirratum). El sitio también proporciona diversos servicios ecosistémicos para aproximadamente las 1000 personas que habitan en la isla de Guanaja y que dependen en su mayoría de la pesca industrial y la pesca artesanal de langosta y caracol. Es además un espacio de recreación y ecoturismo por su paisaje único y alta biodiversidad. Sin embargo, el valor ecológico del sitio está bajo la amenaza constante de eventos climáticos extremos como el Huracán Mitch que en 1998 afecto considerablemente el manglar de la zona, además del desarrollo desmedido aumentando la contaminación de las aguas debido a una falta de un sistema de saneamiento adecuando.