El sitio es un importante corredor biológico formado por varios ecosistemas, como el seibadal, el manglar, el petén (islas de árboles rodeadas de ciénagas), la selva baja inundable, la sabana y la selva baja caducifolia. Los humedales predominantes corresponden a tres especies de manglar (Rhizophora mangle, Avicennia germinans y Laguncularia racemosa), que son las más extensas y representativas de la zona. Esta variedad de hábitats sustenta un importante número de especies vegetales y animales. Algunas de ellas están amenazadas a nivel mundial, como la sardinilla yucateca (Fundulus persimilis) y la anguila ciega yucateca (Ophisternon infernale), ambas catalogadas como en peligro; y la cacelorita de mar (Limulus polyphemus) y el plateadito de progreso (Menidia colei), ambas especies endémicas. El sitio alberga un gran número de aves acuáticas, como el flamenco americano (Phoenicopterus ruber) y la garceta rojiza (Egretta rufescens). Además, sustenta a las 50,000 personas que viven en él y que han basado su actividad económica en la pesca, las salineras y, recientemente, el turismo. El principal desafío del sitio es el deterioro de los manglares. Sin embargo, con su inclusión en la Lista Ramsar, todos los humedales de la costa del Estado de Yucatán están ahora protegidos.