El sitio está conformado por aproximadamente 1,900 ciénagas, lo que lo clasifica como el complejo cenagoso continental más grande de Colombia. De la misma forma, es uno de los principales centros de diversidad de aves de Colombia albergando 202 especies. De éstas, 34 son migratorias como el gavilán pescador (Pandion haliaetus), la golondrina sabanera (Progne tapera) y la reinita estriada (Setophaga striata). El sitio refugia cinco especies de aves importantes para la conservación debido a su restringido rango de distribución, guacharaca caribeña (Ortalis garrula), esmeralda pico rojo (Chlorostilbon gibsoni), carpinterito castaño (Picumnus cinnamomeus), rastrojero bigotudo (Synallaxis candei) y chavarrí (Chauna chavaria), este último categorizado en Colombia como en estado vulnerable por la pérdida de su hábitat y caza ilegal. En el sitio también figuran especies amenazadas como la mabuya (Mabuya mabouya) y el bichichi (Saguinus oedipus), ambos catalogados como en peligro crítico, y el tapeti (Sylvilagus brasiliensis) catalogado como en peligro. Además, las poblaciones de peces del Sitio son fundamentales para el sustento de los pescadores locales. Las principales amenazas al sitio son la prospección de petróleo y gas, la minería y el vertido de aguas residuales no tratadas.