El sitio es un complejo de esteros, de ríos, lagunas, pantanos permanentes de agua dulce y pastizales inundados estacionalmente, intercalados con bosques ribereños y bosques de galería. El humedal provee sustento y refugio para decenas de especies, siendo el parque con mayor diversidad de especies de anfibios a nivel regional, destacando la presencia de la rana mono chaqueña (Phyllomedusa sauvagii) y la rana trepadora de pintas rojas (Boana punctata). Dentro del sistema federal de áreas protegidas, es el segundo parque en riqueza total de especies, siendo hogar de un número significativo de especies catalogadas como Vulnerables según la lista roja de UICN como el ciervo de los pantanos (Blastocerus dichotomus), el tapir (Tapirus terrestris), el pecari labios blancos (Tayassu pecari), el armadillo gigante (Priodontes maximus) y el oso hormiguero gigante (Myrmecophaga tridactyla). El sitio esta además catalogado como un Área Importante para la Conservación de las Aves (AICA) dando refugio a cientos de aves durante la época de anidación, incluyendo a la amazona frentiazul (Amazona aestiva), la garza blanca (Ardea alba) y el muitú (Crax fasciolata). La riqueza ecológica de este sitio ha sufrido los impactos de la caza ilegal de especies de fauna, además de modificaciones a la estructura de su cobertura vegetal como consecuencia de las quemas de pastizal, y el avance de la frontera agrícola para cultivos de algodón y banana.