El sitio de Rio Pongo es un extenso complejo estuarino dominado por manglares prístinos, con algunos bajos intermareales de lodo. Es un área de descanso, reproducción y crecimiento para aves acuáticas jóvenes, y un corredor de migración para muchos organismos costeros y marinos. El ecosistema de manglares es un punto crítico de biodiversidad. El sitio alberga especies de aves como la cigüeña lanuda (Ciconia episcopus), la garza goliat (Ardea goliath), el avemartillo (Scopus umbretta), el tántalo africano (Mycteria ibis) y el águila pescadora o halieto (Pandion haliaetus). También se ha informado que en el sitio hay presencia de manatí de África Occidental (Trichechus senegalensis), una especie vulnerable. Varias aldeas pequeñas que dependen de la pesca tradicional y el cultivo de arroz de subsistencia se encuentran en las lomas de dunas estabilizadas en el sitio. Entre otras actividades humanas están la tala de árboles por intrusos, la caza furtiva y la perturbación de aves en proceso de anidación. La abundancia de recursos pesqueros a lo largo del paseo marítimo del sitio atrae a pescadores artesanales nacionales y extranjeros y a arrastreros ilegales que practican la pesca industrial. Además, el sitio enfrenta posibles amenazas como la caza, la caza furtiva, la perturbación de posibles sitios de anidación, el mal uso de los manglares y el cultivo de arroz.