La bahía del Mont Saint-Michel ocupa una depresión de unos 500 kilómetros cuadrados y posee la segunda mayor oscilación de mareas de Europa, de entre 10 y 11 metros en promedio, que puede llegar hasta 16 metros durante las mareas del equinoccio. En la bahía desembocan tres grandes ríos: el Couesnon, el Sée y el Sélune. La zona intermareal, que abarca una superficie de más de 240 km², consta de un mosaico de bajos de lodo, arrecifes de hermella y marismas de agua salada. Asimismo, hay marismas periféricas, sistemas de dunas, acantilados y dos islotes rocosos, entre ellos el que sirvió para construir la abadía del Mont Saint-Michel entre los siglos XI y XVI. Las marismas de agua salada están entre las mayores de Europa y sirven de hábitat a 22 especies de flora protegidas. En la bahía invernan más de 100 000 aves acuáticas, entre ellas más del 1 % de las poblaciones de correlimos gordo (Calidris canutus) y correlimos común (Calidris alpina). El carricerín cejudo (Acrocephalus paludicola) utiliza el sitio como escala migratoria y cada año se observan varias docenas de ejemplares, mientras que la pardela balear (Puffinus mauretanicus) se encuentra durante su período de muda. Mamíferos marinos como el delfín mular (Tursiops truncatus), la marsopa común (Phocoena phocoena), la foca gris (Halichoerus grypus) y la foca común reproductora (Phoca vitulina) visitan el sitio. Además, el sitio alberga la anguila europea (Anguilla anguilla) y la raya mosaico (Raja undulata). Hay un plan en curso para restablecer la continuidad ecológica del río Sélune mediante la nivelación de dos represas hidroeléctricas.