Área Natural Protegida Laguna del Jocotal, es un humedal continental formado por dos lagunas permanentes de agua dulce, Laguna del Jocotal y Laguna de San Juan. El sitio es un reservorio de biodiversidad en el que se encuentran 151 especies vegetales como caoba (Swietenia macrophylla), el cedro (Cedrela odorata) y el mangle de agua dulce (Bravaisia integerrima) consideradas como en peligro de extinción a nivel nacional. El sitio además sustenta a cientos de especies de fauna incluyendo 21 especies de peces incluyendo especies endémicas como el róbalo prieto (Centropomus nigrescens), 252 especies de aves, 43 mamíferos, 13 anfibios y 33 reptiles. Entre las especies de fauna presentes en el sitio se encuentras especies amenazadas incluidas en la lista roja de UICN como el mono araña centroamericano (Ateles geoffroyi), el loro nuca amarrilla (Amazona auropalliata) y el cocodrilo americano (Crocodylus acutus). El sitio es uno de los mejores ejemplos de ecosistemas inundables de agua dulce en el pacifico centroamericano y provee diferentes servicios ecosistémicos incluyendo el control de inundaciones y purificación de aguas, así como fuente de alimentación para las comunidades locales. Entre las principales amenazas al sitio se encuentran la reducción del nivel freático de la laguna de jocotal por un manejo inapropiado, contaminación por desechos y sedimentos, así como la pesca, caza y ganadería descontrolada.