Le site se compose de 13 sous-sites avec des vasières intertidales abritées, des marais salés, des hauts fonds marins permanents et des berges rocheuses. Il y a aussi deux grands estuaires fluviaux dans le fjord, en particulier Gaulosenas, l’un des très rares grands estuaires fluviaux intacts du sud de la Norvège. Les deux estuaires jouent un rôle important pour la régulation des crues. Ces zones humides soutiennent une biodiversité exceptionnelle et sont très importantes pour les oiseaux migrateurs, en particulier les oies, les canards, les échassiers et les oiseaux marins hivernants. Presque toute la population de l’oie à bec court (Anser brachyrhynchus) du Svalbard fait étape dans le site au printemps et à l’automne. Les eaux douces, riches en matières nutritives, et les nombreux îlots et récifs du fjord sont les zones les plus importantes pour des espèces nidificatrices comme le grèbe esclavon (Podiceps auritus) et le grèbe huppé (Podiceps cristatus). Les hauts fonds comprennent aussi d’importantes zones de mue pour l’eider à duvet (Somateria mollissima) et le canard colvert (Anas platyrhynchos) en été. Ørin, Gaulosen, Vinnan et Velvangen sont d’importantes frayères pour la population de harengs de l’Atlantique (Clupea herengius) des fjords locaux. Le saumon de l’Atlantique (Salmo salar) et la truite commune (Salmo trutta) migrent aussi à travers certains des sous sites. Les sites sont utilisés assez fréquemment par les touristes et les résidents pour la baignade, la pêche, la marche à pied et l’observation des oiseaux. Trondheimsfjorden (et ses sous-sites) est l’une des dix zones faisant partie du programme national de surveillance de l’hivernage des oiseaux maritimes et des oiseaux d’eau. En outre, une surveillance est assurée par des volontaires d’ONG pour effectuer le recensement et le baguage des oiseaux.