Le site s’étend entre les villes de Pontarlier et Saint-Claude, dans le massif du Jura. Dénommé « Bassin du Drugeon » lorsqu’il fut inscrit en 2003, le site a été agrandi en 2021 pour passer de moins de 6000 hectares à plus de 12 000 ha. Il comprend maintenant de vastes tourbières emblématiques telles que celles du bassin du Drugeon, les vallées du haut Doubs et de l’Orbe et la vallée de Chapelle-des-Bois et Bellefontaine. Ses 18 lacs et 2000 ha de tourbières représentent environ 40 % de toute la zone tourbeuse du massif du Jura. Le substrat calcaire favorise la juxtaposition de tourbières alcalines et acides, ce qui, dans ces dimensions, est unique en France. Le site offre de nombreux habitats importants pour une diversité d’espèces protégées au niveau national ou international, des plantes et champignons aux libellules, papillons, poissons, oiseaux, amphibiens et reptiles. Les deux tiers de la population nationale de bécassines des marais (Gallinago gallinago) y nichent et le site est aussi une frayère importante pour le grand brochet (Esox lucius), le lavaret (Coregonus lavaretus), la truite lacustre (Salmo trutta) et l’écrevisse à pattes blanches (Austropotamobius pallipes). Les habitats tourbeux ont été, autrefois, profondément modifiés par l’exploitation de la tourbe, le développement forestier et les activités agricoles mais des mesures de restauration des tourbières ont été appliquées avec succès. Cependant, le site est encore très sensible aux sécheresses et à la pollution provenant des terres agricoles environnantes.