Le lac du Bourget et les marais de Chautagne ont été inscrits comme Site d’importance internationale en 2003, principalement pour leur capacité d’accueil de l’avifaune. En 2024, une extension de 1 449 hectares a permis d’inclure le marais de Lavours dans le Site, créant ainsi un réseau de zones humides écologiquement cohérent et connecté au Rhône. Le Site étendu présente une richesse et une diversité rares d’espèces et d’habitats naturels, et l’ensemble de ses zones humides constitue une halte migratoire et un lieu de nidification essentiels pour les oiseaux migrateurs qui empruntent le couloir rhodanien entre l’Europe centrale, la Méditerranée et l’Afrique. Le Site accueille d’importantes populations hivernantes et nicheuses de fuligules milouins (Aythya ferina) et de nettes rousses (Netta rufina). La macreuse brune (Melanitta fusca) et le grèbe esclavon (Podiceps auratus), deux espèces vulnérables, y sont également observés. Quinze espèces végétales menacées au niveau mondial, régional ou national sont présentes sur le Site, ainsi que diverses espèces de mollusques, de poissons, de mammifères et d’insectes mondialement menacés. Le Site est utilisé pour des activités touristiques ainsi qu’à des fins scientifiques et éducatives. Les marais de Lavours et de Chautagne jouent un rôle important dans le captage et le stockage du carbone, tandis que le lac du Bourget, la plus grande réserve naturelle profonde d’eau douce de France, joue un rôle essentiel dans l’atténuation des risques d’inondation.