Le site est un delta intérieur sur la plaine d’inondation du fleuve Sénégal, constitué par un vaste complexe de lacs et d’étangs saumâtres, saisonnièrement inondés, reliés par un réseau de chenaux. La végétation de savane se compose d’espèces de Tamarix sahéliennes sur une couche d’herbes et de graminées dans les zones sèches et de différents types de roselières dans les zones inondées. C’est un des premiers refuges, passé le Sahara, pour les oiseaux afro-tropicaux et les migrateurs du Paléarctique. Le Djoudj est une réserve génétique exceptionnelle pour de nombreuses espèces animales et végétales. C’est un sanctuaire fragile pour les oiseaux tels le pélican blanc, le héron pourpré, la spatule d’Afrique, la grande aigrette et le cormoran. Diverses espèces d’oiseaux d’eau en effectifs importants au plan international, se reproduisent, font étape et hivernent dans le site où l’on dénombre jusqu’à 3 millions d’individus (plus de 360 espèces) au pic de la saison, en décembre. Les principales activités humaines sont la conservation de la nature et l’écotourisme et, dans les zones environnantes, la riziculture, l’élevage et la chasse. La menace la plus grave serait le manque de pluies : le site a déjà été confronté à des problèmes de pénuries d’eau qui ont entraîné son inscription au Registre de Montreux. La gestion de barrages sur le fleuve Sénégal a permis de résoudre le problème et de supprimer le site du Registre. Toutefois, en 1993, il a de nouveau été inscrit au Registre en raison d’infestations de Pistia stratiotes et Paspalum vaginatum. Le site a fait l’objet de Missions consultatives Ramsar, en 1988 et en 2000. Le plan de gestion comprend diverses activités de suivi et de surveillance mais, dans certains secteurs, le site fait face à d’autres menaces : le surpâturage, la pêche illégale qui réduit les sources alimentaires des oiseaux, l’utilisation d’engins de pêche destructeurs (monofilaments), l’empiétement sur l’aire protégée et la pollution sonore des rizières des environs.