Au cœur d’un milieu très urbanisé et densément peuplé, ce complexe unique de marais, de tourbières et de prairies façonné par l’être humain abrite une très riche biodiversité. Patrimoine naturel et patrimoine culturel y cohabitent harmonieusement depuis treize siècles. Quelque 56 000 personnes vivent dans les communes qui composent le marais, dont une centaine de familles sur des îles. Ces communautés ont pu cultiver et vivre sur ce Site grâce à l’aménagement de 700 kilomètres de canaux, de chenaux de drainage et de systèmes hydrauliques qui régulent les niveaux d’eau. Un tiers de toutes les espèces de plantes aquatiques de France y sont présentes. Vingt-six espèces de poissons y trouvent un milieu favorable à différentes étapes de leur cycle de vie. C’est notamment le cas de l’anguille européenne (Anguilla anguilla), en danger critique d’extinction. Parmi les 13 espèces de chauves-souris, le murin des marais (Myotis dasycneme), chauve-souris la plus rare de France, y est régulièrement observé en période de reproduction. Ce Site est également une halte migratoire importante pour le phragmite aquatique (Acrocephalus paludicola), classé Vulnérable, et des oiseaux nicheurs menacés, tels que le busard des roseaux (Circus aeruginosus). Le Site présente un grand intérêt pour l’approvisionnement en eau douce, ainsi que pour les loisirs et l’observation de la nature. Toutefois, sa nature urbanisée et l’agriculture intensive pratiquée aux alentours menacent son équilibre. Le Site joue un rôle précieux dans la lutte contre les inondations : les eaux de crue du bassin de l’Aa y passent, mais il n’est situé qu’à deux mètres au-dessus du niveau de la mer, de sorte que l’écoulement y est complexe et progressif. Le Site est donc lui-même menacé par des pluies intenses et des incursions marines dans un contexte de réchauffement climatique.