Le site se trouve dans l’océan Indien austral et se compose de deux archipels subantarctiques – l’archipel Crozet et l’archipel des Kerguelen – et des îles subtropicales Amsterdam et Saint-Paul. Les îles sont très éloignées les unes des autres, séparées par l’océan, de sorte que les coordonnées centrales données sont purement théoriques. Le site comprend une grande diversité de types de zones humides intérieures et côtières : tourbières, marais et lacs, berges rocheuses, estuaires et fjords. Il abrite de nombreuses espèces endémiques, notamment le canard d’Eaton Anas eatoni et le canard d’Eaton (Crozet) Anas eatoni drygalskii vulnérables au plan mondial, ainsi que l’albatros d’Amsterdam Diomedea amsterdamensis en danger critique d’extinction. Ces îles sont un important refuge et un lieu de nidification pour des millions d’oiseaux migrateurs. De nombreux mammifères marins tels que l’éléphant de mer du sud Mirounga leonina et l’otarie à fourrure subantarctique Arctocephalus tropicalis y sont aussi bien représentés. La plus grave menace est due à l’introduction d’espèces non indigènes telles que les chats et les rats qui sont responsables du déclin de nombreuses espèces d’oiseaux. Les changements climatiques affectent aussi les caractéristiques écologiques du site.