Complejo Jaltepeque est la deuxième plus grande zone humide saumâtre et intertidale boisée d’El Salvador. Le site comprend une diversité d’écosystèmes marins et côtiers comme des mangroves, des plages de sable, des lagunes d’eau douce et des cours d’eau temporaires et permanents. Les différents écosystèmes soutiennent une riche diversité d’espèces, notamment 272 plantes, y compris le palétuvier Avicennia bicolor, l’acajou amer (Cedrela odorata) et l’acajou à grandes feuilles (Swietenia macrophylla) menacés au plan mondial. La mangrove est un habitat vital pour les 284 espèces que l’on trouve dans la région, notamment l’amazone à nuque d’or (Amazona auropalliata), le bécasseau maubèche (Calidris canutus) et la buse urubu (Buteogallus urubitinga). On trouve aussi dans le site 96 espèces de poissons, 44 espèces de mammifères terrestres, au moins huit amphibiens et 26 reptiles, et des espèces vulnérables inscrites sur la Liste rouge de l’UICN comme le requin‑marteau halicorne (Sphyrna lewini), le requin nez blanc (Nasolamia velox), la tortue olivâtre (Lepidochelys olivacea) et la tortue cuir (Dermochelys coriacea). La pêche artisanale et le tourisme assurent les moyens d’existence des communautés environnantes. Les principales menaces sont le déboisement pour l’agriculture et l’élevage, la chasse illégale et la pollution de l’eau causée par le déversement d’eaux usées domestiques, agricoles et industrielles.