Le site se trouve sur le fleuve Paraná, à la limite entre les États du Paraná et du Mato Grosso do Sul, près de la frontière avec le Paraguay. Il se compose d’environ 180 îles, des rives du fleuve, de mares naturelles et de marais d’eau douce. Le parc national protège deux types de milieux aujourd’hui rares et dégradés dans le centre-sud brésilien : des forêts riveraines et des plaines d’inondation. Outre la beauté de leurs paysages, ces zones sont des frayères et des lieux de nourrissage importants pour plusieurs espèces de poissons. Le site abrite aussi diverses espèces menacées, notamment le cerf des marais Blastocerus dichotomus, symbole du parc national, le hurleur brun Alouatta fusca et l’opossum quatre-yeux du sud-est Philander frenatus, endémique de la forêt atlantique. Le site est menacé par les incendies, la chasse et l’introduction d’espèces exotiques.