Situé sur le littoral sud de l’État du Paraná, le site est considéré comme le lieu le plus important pour le grisin des marais (Stymphalornis acutirostris) car il abrite environ 42% de la population mondiale. On y trouve des mangroves bien préservées, des forêts périodiquement inondées, des marais et plus de 3000 hectares des dernières forêts de caixeta (Tabebuia cassinoides). Par comparaison avec d’autres baies du Brésil, on peut considérer que le site de Guaratuba est bien préservé mais il n’en reste pas moins soumis à différentes menaces : surpêche, pollution, tourisme non réglementé et occupation des zones de mangroves.