Le site comprend l’estuaire de la rivière Kouilou, les berges de sable et les bancs de sable de la rivière, d’autres rivières permanentes et temporaires, des lacs, la lagune de Yombo, des marais dont certains sont dominés par Cyperus papyrus, et des forêts inondées et marécageuses, notamment des forêts de mangroves. Compte tenu de la diversité des écosystèmes et de la présence permanente de l’eau, le site abrite des populations de chimpanzés, sitatungas ou guibs d’eau (Tragelaphus spekii), buffles d’Afrique et hippopotames, ainsi que des poissons comme le dipneuste Protopterus dolloi qui est endémique du bassin du Congo et des bassins fluviaux voisins. L’exploitation de certains secteurs du site, tels que la rivière Monje mombomo, est depuis longtemps interdite ce qui est un facteur de stabilité pour les habitats et de maintien de la diversité biologique. À l’embouchure de la rivière Kouilou et dans la lagune de Yombo, la sédimentation est une vraie menace pour le site.