Situé sur le fleuve Amazone à l’extrême sud du pays, le site se compose de plusieurs lacs reliés entre eux par des rivières et des ruisseaux. Les lacs de Tarapoto abritent différentes espèces végétales et animales dont le kapokier (Ceiba pentandra) et le caïman noir (Melanosuchus niger), 136 espèces de poissons dont le plus grand poisson d’eau douce connu, le pirarucu (Arapaima gigas), et plus de 153 espèces d’oiseaux. Des dauphins gris et rose (Inia geoffrensis et Sotalia fluviatilis) utilisent cette zone humide comme habitat où apprendre à leurs petits à pêcher. Le site abrite également des mammifères menacés tels que le tapir (Tapirus terrestris), le tatou géant (Priodontes maximus), le lamantin d’Amazonie (Trichechus inunguis), la loutre géante (Pteronura brasiliensis) et le tamanoir (Myrmecophaga tridactyla). Cette grande biodiversité, notamment les ressources halieutiques du site, permet d’assurer la subsistance de 22 communautés autochtones de la réserve de TICOYA (peuples Ticuna, Cocama et Yagua). L’écosystème joue également plusieurs rôles importants, notamment en termes de maîtrise des crues et de l’érosion, de transport fluvial, de loisirs et de tourisme. L’inscription du complexe des lacs de Tarapoto sur la Liste des zones humides d’importance internationale est l’aboutissement d’un processus de consultation et les autorités autochtones, nationales et régionales ont toutes convenu de protéger le site.