Le site, situé sur la Méditerranée et à l’extrémité orientale du Rif central, comprend une longue série de falaises marines interrompues par des vallées, et les eaux marines adjacentes. Dans cette région aride, les falaises abritent une communauté de plantes des rochers assez bien préservée et comprenant des espèces endémiques, rares et menacées. Les eaux côtières peu profondes et claires permettent le bon développement des récifs coralliens ; ce littoral est connu pour son corail rouge (Corallium rubrum). On y trouve aussi des espèces rares d’invertébrés, y compris des anthozoaires, des échinodermes, des mollusques et des crustacés. La côte des Bokkoyas accueille aussi des populations d’oiseaux nidificateurs comme le balbuzard pêcheur (Pandion haliaetus), dont la colonie est une des plus importantes de Méditerranée avec une douzaine de couples. Le Site Ramsar abrite un grand nombre d’espèces menacées, terrestres et marines, comme le poisson Epinephelus marginatus et la caouanne Caretta caretta. Compte tenu de sa valeur écologique, le massif des Bokkoyas, avec sa marge marine côtière, a été classé Parc national (Parc national d’Al Hoceima). Le site a un plan de gestion et un plan de suivi pour les communautés animales et végétales.