Située sur un plateau, au nord de Lyon, la Dombes compte plus de 1200 étangs. Les oiseaux migrateurs y font escale et y trouvent un lieu de refuge, notamment les oiseaux hivernants durant les vagues de froid de l’Europe du Nord et de l’Est. C’est l’un des deux sites de nidification majeurs de la nette rousse (Netta rufina) en Europe de l’Ouest. Parmi les autres espèces d’oiseaux nicheurs, on peut citer l’aigrette garzette (Egretta garzetta), la spatule blanche (Platalea leucorodia) et l’échasse blanche (Himantopus himantopus). C’est le seul site national où le fuligule nyroca (Aythya nyroca) nidifie régulièrement et, depuis 2012, le seul site national de reproduction du cygne chanteur (Cygnus cygnus). L’importance internationale de la Dombes s’explique aussi par la présence du fuligule milouin (Aythya ferina), du vanneau huppé (Vanellus vanellus) et du courlis cendré (Numenius arquata). La Dombes est connue pour ses oiseaux mais l’on y trouve aussi d’autres espèces caractéristiques telles que le papillon Lopinga achine (la bacchante) et le coléoptère Cerambyx cerdo (le grand capricorne), mais aussi des chauves-souris comme la barbastelle d’Europe (Barbastella barbastellus) et le murin de Beichstein (Myotis bechsteinii). Des activités de surveillance à long terme et de chasse et pêche récréatives ont lieu dans le site. Ce dernier présente quatre grands enjeux : le problème des sécheresses récurrentes, dont la fréquence a augmenté avec le dérèglement climatique ; la poursuite d'une gestion de l’eau fondée sur les pratiques traditionnelles respectant les cycles des étangs (alternance de l’assèchement et de la remise en eau) ; la diminution des impacts liés aux effets des pratiques agricoles intensives sur des sols qui favorisent les transferts de pollutions diffuses ; et les espèces exotiques envahissantes.