La Brenne est un plateau de landes, de pelouses, de friches et de zones boisées, de prairies maigres et de très nombreux lacs et étangs ; en 2016, on a recensé plus de 3000 étangs dans ses limites. Cette grande diversité d’habitats explique la riche biodiversité représentée par plusieurs espèces d’oiseaux, de libellules, d’amphibiens et de reptiles comme la cistude d’Europe, un des emblèmes du site. Le site abrite aussi plus de 1% des populations géographiques de la guifette moustac Chlidonias hybrida et du fuligule milouin Aythya ferina, vulnérable au plan mondial. En janvier, il attire plus de 23 000 oiseaux hivernants. Les activités humaines comprennent l’agriculture, la sylviculture, la pisciculture et le tourisme dans la nature. La pisciculture et l’agriculture ont depuis toujours une grande importance pour le site car les différents plans d’eau ont été créés au Moyen-âge pour l’irrigation et pour la pêche. L’élevage de bétail a un impact sur le milieu ouvert et les projets de développement des environs ainsi que les nouvelles constructions dans le site sont considérés comme d’éventuelles menaces.