Complexe d’estuaires, de rivières, de lagunes et de marécages d’eau douce permanents ainsi que de prairies inondées saisonnièrement, parsemé de forêts riveraines et de forêts-galeries, le site abrite des dizaines d’espèces. C’est le parc qui présente la plus grande diversité d’amphibiens de cette région, avec des espèces remarquables telles que Phyllomedusa sauvagii et Boana punctata. Dans le système fédéral d’aires protégées, le parc vient en second du point de vue de la diversité totale des espèces. Il offre un habitat à un nombre important d’espèces vulnérables, notamment le cerf des marais (Blastocerus dichotomus), le tapir du Brésil (Tapirus terrestris), le pécari à lèvres blanches (Tayassu pecari), le tatou géant (Priodontes maximus) et le tamanoir (Myrmecophaga tridactyla). Le site est aussi une Zone importante pour la conservation des oiseaux (ZICO) ; on y trouve des centaines d’espèces d’oiseaux en saison de nidification, en particulier l’amazone à front bleu (Amazona aestiva), la grande aigrette (Ardea alba) et le hocco à face nue (Crax fasciolata). Le site a souffert des impacts de la chasse illégale, de changements dans sa couverture végétale en raison des brûlis et de la progression de la frontière agricole pour les plantations de coton et de bananiers.