Le site se trouve à l’extrême ouest du territoire brésilien. Le Pantanal est considéré comme la plus vaste zone inondée périodiquement du continent américain et la zone de convergence de trois des plus grands biomes d’Amérique du Sud : l’Amazonie, le Cerrado et le Chaco. Il constitue un immense delta intérieur, avec la confluence de plusieurs cours d’eau descendant des hautes terres. Le Pantanal Matogrosense accueille l’une des concentrations d’animaux sauvages les plus fortes et les plus spectaculaires des Néotropiques et est l’une des zones humides les plus importantes d’Amérique du Sud pour les oiseaux d’eau. Il abrite 90 espèces de mammifères, 700 d’oiseaux, 160 de reptiles, 260 de poissons et 45 d’amphibiens. Le site est important pour les espèces classées Vulnérables à l’échelle mondiale comme le cerf des marais (Blastocerus dichotomus), le fourmilier géant (Myrmecophaga tridactyla) et le tatou géant (Priodontes maximus), ainsi que la loutre géante du Brésil (Pteronura brasilensis) classée En danger. Le Pantanal Matogrosense est également inscrit comme Site du patrimoine mondial et Réserve de biosphère. Le tourisme non contrôlé, la pêche récréative, la chasse et le trafic d’espèces menacées ainsi que la déforestation sont les principales menaces pesant sur le site.