La baie du Mont-Saint-Michel occupe une dépression d’environ 500 km² caractérisée par l’amplitude de ses marées, la deuxième plus grande d’Europe : de 10 à 11 m en moyenne et jusqu’à 16 m lors des marées d’équinoxe. Trois fleuves principaux se jettent dans la baie : le Couesnon, la Sée et la Sélune. La zone intertidale, d’une superficie de plus de 240 km², se compose d’une mosaïque d’habitats (vasières, récifs d’hermelles, marais salés) complétée par des marais périphériques, des systèmes dunaires, des falaises et deux îlots rocheux (dont celui sur lequel l’abbaye du Mont-Saint-Michel a été construite entre le xie et le xvie siècle). Ses marais salés sont parmi les plus vastes d’Europe et abritent 22 espèces végétales protégées. C’est également un lieu d’hivernage pour plus de 100 000 oiseaux d’eau, notamment plus d’un pour cent des populations de bécasseaux maubèche (Calidris canutus) et de bécasseaux variables (Calidris alpina). Le phragmite aquatique (Acrocephalus paludicola) y fait halte, plusieurs dizaines d’individus faisant l’objet d’un suivi chaque année, et le puffin des Baléares (Puffinus mauretanicus) est présent pendant sa période de mue. Le Site est fréquenté par des mammifères marins tels que le grand dauphin commun (Tursiops truncatus), le marsouin commun (Phocoena phocoena), le phoque gris (Halichoerus grypus) et le phoque veau-marin (Phoca vitulina) qui s’y reproduit. On y trouve également l’anguille européenne (Anguilla anguilla) et la raie brunette (Raja undulata). Un plan de restauration de la continuité écologique de la Sélune avec l’arasement de deux barrages hydroélectriques est en cours.