Le Lough Glen est un lac temporaire qui contient actuellement très peu d’eau libre, sauf pendant les inondations hivernales. Le drainage de l’eau fait peser une grave menace sur son caractère écologique et des travaux de restauration ont été effectués pour augmenter le niveau du lac sans affecter le drainage des terres situées en amont. Les marais dominent désormais le site et la classification de l’habitat en marais d’eau douce permanents avec mares pourrait être plus appropriée. Les autres habitats sont notamment les roselières, les tourbières alcalines, les forêts humides, les prairies sèches et humides, les tourbières anciennement exploitées et colonisées par la bruyère, les broussailles et les forêts de saules. Tout un ensemble d’oiseaux d’eau hivernants vient se nourrir et se reposer sur le site pendant les mois d’hiver ; plus de 1 % des individus de la population mondiale de cygnes chanteurs (Cygnus cygnus) y sont ainsi présents. Le site est également utilisé par le cygne tuberculé (Cygnus olor), la sarcelle d’hiver (Anas crecca), le canard souchet (Anas clypeata) et, par intermittence, le vanneau huppé (Vanellus vanellus), une espèce quasi menacée. Le canard siffleur était autrefois présent en grand nombre, mais ses effectifs ont considérablement diminué. Le site est utilisé à des fins scientifiques et éducatives.