Composé du vaste complexe de tourbières ombrotrophes Emajõe Suursoo, de certains secteurs du lac Peipsi et de son île la plus grande, Piirissaar, le site se caractérise par la présence de fagnes, de marécages, de forêts mixtes, de tourbières, de roselières et de zones agricoles. On y trouve deux espèces de mousses inscrites à l’Annexe II de la directive Habitats de l’UE, Dicranum viride et Hamatocaulis vernicosus. Ce site est une frayère importante pour des poissons tels que le silure glane (Silurus glanis) en danger et le corégone Coregonus lavaretus maraenoides endémique. De très nombreux oiseaux muent et font étape dans le site qui est aussi la plus importante zone de nidification en Estonie pour le pygargue à queue blanche (Haliaeetus albicilla), la bécassine sourde (Lymnocryptes minimus) et le tétras lyre (Tetrao tetrix). Le site a une importance majeure pour l’hydrologie du lac Peipsi, et l’on y réalise de fréquents programmes de suivi. Parmi les activités humaines on peut citer la pêche, l’agriculture, la chasse, la cueillette des baies et la navigation de plaisance.