Vallée glaciaire de la région bavaroise, le lac Ammer est un vaste lac d’eau douce naturel et mésotrophe, aux niveaux d’eau fluctuants, entouré de collines de moraine frontale. Sur les berges, on trouve différents types de roseaux, des landes, des broussailles et des prairies. Parmi les espèces de poissons remarquables, on peut citer Coregonus bavaricus, en danger critique d’extinction au plan mondial, Salvelinus evasus, vulnérable et la mulette épaisse (Unio crassus), en danger. Le site accueille des activités récréatives, touristiques, spirituelles, pédagogiques et scientifiques. Des espèces envahissantes telles que l’écrevisse américaine (Orconectes limosus) et la moule zébrée (Dreissena polymorpha) posent actuellement une grave menace aux caractéristiques écologiques du site.