Área Natural Protegida Laguna del Jocotal est une zone humide continentale formée de deux lagunes d’eau douce permanentes, Laguna del Jocotal et Laguna de San Juan. Le site est un point chaud de la biodiversité et possède 151 espèces de plantes, notamment l’acajou à grandes feuilles (Swietenia macrophylla), l’acajou amer (Cedrela odorata) et Bravaisia integerrima, un arbre de la famille Acanthus considéré comme en danger au plan national. Il abrite aussi des centaines d’espèces animales, notamment 21 espèces de poissons telles que Centropomus nigrescens qui est endémique, 252 espèces d’oiseaux, 43 espèces de mammifères, 13 espèces d’amphibiens et 33 espèces de reptiles. La faune du site comprend des espèces en danger inscrites sur la Liste rouge de l’UICN comme l’atèle de Geoffroy (Ateles geoffroyi), l’amazone à nuque d’or (Amazona auropalliata) et le crocodile d’Amérique (Crocodylus acutus). Le site est un des meilleurs exemples d’écosystème d’eau douce inondé sur le versant pacifique de l’Amérique centrale et fournit différents services écosystémiques, notamment la maîtrise des crues et l’épuration de l’eau ainsi que des aliments pour les communautés locales. Parmi les principales menaces, il y a la baisse du niveau de l’eau dans la Laguna de Jocotal en raison d’une gestion inadéquate, de la pollution par les déchets et les sédiments et de la pêche, la chasse et l’élevage non contrôlés.