El sitio cuenta con una serie de ecosistemas entre caños, ríos, ciénagas, humedales y biotopos terrestres. También presenta una amplia diversidad biológica con 148 especies de mamíferos, que representan el 2.7% de los mamíferos del mundo. De igual forma, el sitio alberga especies amenazadas como el mono araña de cabeza negra (Ateles fusciceps), la nutria (Pteronura brasiliensis), el hormiguero palmero (Myrmecophaga tridactyla) y el tití piel roja (Saguinus oedipus), este último catalogado como en peligro crítico. Asimismo, se registran unas 86 especies de aves algunas endémicas como el paujil colombiano (Crax Alberti) y la Chavarría (Chauna chavaria), y otras provenientes en su mayoría de Norteamérica, tales como la garceta azul (Egretta caerulea) y la gaviota reidora americana (Larus atricilla). De la misma forma, se registran 52 especies de peces representativos que constituyen el sustento familiar y económico para muchas personas dentro y fuera del sitio. Entre las principales amenazas se encuentran los cambios de uso del suelo, la tala de bosque y la contaminación hídrica como consecuencia de la explotación aurífera informal y el uso de plaguicidas en las zonas agrícolas del humedal.