Le site comprend tout un éventail d'écosystèmes dont des ruisseaux, des rivières, des marais, des zones humides et des biotopes terrestres. Il présente une grande diversité biologique avec 148 espèces de mammifères qui représentent 2,7 % des mammifères de la planète. Il abrite en outre des espèces menacées comme le singe-araignée à tête brune (Ateles fusciceps), la loutre géante (Pteronura brasiliensis), le grand tamanoir (Myrmecophaga tridactyla) ou le pinché à crête blanche (Saguinus oedipus), classé en danger critique d'extinction. Quatre-vingt-six espèces d'oiseaux ont également été recensées, dont certaines sont endémiques, comme l’hocco d’Albert (Crax Alberti) ou le kamichi chavaria (Chauna Chavaria), tandis que d'autres proviennent le plus souvent d'Amérique du Nord, comme l’aigrette bleue (Egretta caerulea) ou la mouette atricille (Larus Atricilla). Le site abrite également 52 espèces représentatives de poissons qui procurent une source de revenus et des moyens d’existence à de nombreux habitants, aussi bien à l’intérieur qu’à proximité de la zone humide. Parmi les principales menaces qui pèsent sur le site figurent les changements d'affectation des sols, l'abattage des forêts, la pollution de l'eau résultant de l’extraction informelle de l'or et l'utilisation de pesticides dans les régions agricoles de la zone humide.