Rio Pongo est un vaste complexe estuarien dominé par des forêts de mangroves intactes avec quelques vasières intertidales. C’est un lieu de repos, de reproduction et de croissance pour les jeunes oiseaux d’eau et un corridor de migration pour de nombreux organismes côtiers et marins. L’écosystème de mangroves est un point chaud de la biodiversité. Le site accueille des espèces d’oiseaux telles que la cigogne épiscopale (Ciconia episcopus), le héron goliath (Ardea goliath), l’ombrette africaine (Scopus umbretta), le tantale ibis (Mycteria ibis) et le balbuzard pêcheur (Pandion haliaetus). On y a également signalé le lamantin d’Afrique (Trichechus senegalensis) vulnérable. Plusieurs petits villages, qui dépendent de la pêche traditionnelle et de la riziculture de subsistance, sont perchés sur les crêtes dunaires stabilisées, à l’intérieur du site. La coupe de bois par des personnes venues de l’extérieur, le braconnage et la perturbation des oiseaux nicheurs exercent des pressions sur le site. Des pêcheurs artisanaux nationaux et étrangers sont attirés par l’abondance des ressources halieutiques le long du front de mer du site tout comme les chalutiers illégaux des pêcheries industrielles. La chasse, le braconnage, la perturbation des sites de nidification et l’exploitation abusive des forêts de mangroves ainsi que la culture du riz sont des menaces potentielles pour le site.