Panamá ha ampliado los límites del Humedal de Importancia Internacional Bahía de Panamá de 49,919 a ​​85,664 hectáreas. Ahora incluye un área más extensa de estuarios, manglares, bosques inundables, ciénagas y lagunas de agua dulce. La Bahía de Panamá es uno de los sitios más importantes de migración en el hemisferio occidental donde se estima la presencia de entre uno y dos millones de aves playeras. El sitio sirve de hábitat para el 14% de la población mundial del Playero occidental (Calidris mauri) con más de un millón de individuos, además de mas de 30,000 individuos del chorlo semipalmeado (Charadrius semipalmatus) representando el 20% de su población mundial. En el sitio está cubierto por un bosque de manglar donde se encuentran al menos siete especies de mangle, dos de los cuales están clasificados como vulnerables en la Lista roja de UICN, el Mangle salado (Avicennia bicolor) y el Mangle piñuelo (Pelliciera rhizophorae). Los diferentes ecosistemas del sitio brindan refugio y hábitat a especies de plantas  y animales  globalmente amenazadas y protegidas a nivel nacional incluyendo el pavón grande (Crax rubra), el mono araña centroamericano (Ateles geoffroyi), el tapir (Tapirella bairdii), oso caballo (Myrmecophaga tridactyla) y el negrito (Annona spraguei) un árbol endémico de Panamá catalogado como vulnerable. La Bahía de Panamá también está designada como Refugio de Vida Silvestre protegido por ley nacional. Sin embargo, dada su proximidad a la Ciudad de Panamá, el sitio ha sufrido las presiones del desarrollo urbano modificando la estructura y composición de su cobertura vegetal como consecuencia de la deforestación. Otras amenazas al sitio son las descargas de aguas negras y la pesca sin control.