El Sitio es un extenso parque nacional que abarca una diversidad excepcional de humedales —hasta 17 tipos diferentes— entre los que se incluyen marismas, humedales arbolados intermareales, zonas de manglares, bosques pantanosos, ríos y arroyos y manantiales permanentes de agua dulce. Esta diversidad de hábitats alberga un número extraordinario de especies: cerca de 2.000 plantas, más de un tercio de las aves de Australia (271 especies), aproximadamente una cuarta parte de sus mamíferos terrestres (77 especies), 60 especies de peces y más de 130 reptiles y 27 especies de ranas. La amplia variedad de hábitats acuáticos, que abarcan desde sistemas fluviales turbios hasta aguas costeras poco profundas, alberga especies con diferentes necesidades ecológicas, desde tiburones de río adaptados a aguas ricas en sedimentos hasta numerosas especies de peces que dependen del Sitio como como zona de desove y cría. Además de albergar numerosas especies características de Australia, el Sitio cuenta con una biodiversidad única e incluye especies endémicas de la región como el gobio de Kakadu (Egglestonichthys ulbubunitj), considerado en peligro; la rana jabiru (Uperoleia arenicola), el bambú de la Tierra de Arnhem (Bambusa arnhemica) y una subespecie del eptianuro amarillo, Epthianura crocea tunneyi. El patrimonio cultural del Sitio es igualmente importante, y su relación de larga data con las poblaciones aborígenes de la región ha sido reconocida mediante su inclusión en la Lista del Patrimonio Mundial. Las pinturas rupestres antiguas y los yacimientos arqueológicos hallados en el Sitio reflejan miles de años de historia humana. En conjunto, su extraordinaria vida silvestre, sus paisajes y su patrimonio cultural convierten a este Sitio en un importante destino turístico. Las especies invasoras suponen una amenaza constante, por lo que se llevan a cabo intervenciones de manejo continuas para controlar sus efectos.