Un sistema lagunar-estuario ubicado en el área urbana de la Ciudad de Puerto Cortés, en la costa norte de Honduras. Forma parte del sistema Arrecifal Mesoamericano que se extiende desde México hasta Honduras considerado como una de las siete maravillas submarinas del mundo. El sitio juega un papel fundamental para la conectividad de especies y mantener el flujo del ciclo hidrológico entre los 13 sistemas de cuencas y microcuencas productoras de agua del país. El sitio provee refugio y hábitat para diversas especies de peces amenazadas como la Cherna criolla (Epinephelus striatus) especie en estado crítico, además  del gobio cristal (Coryphopterus hyalinus) y el mero (Epinephelus itajara) ambas clasificadas como vulnerables. Laguna de Alvarado es también una fuente esencial de alimentos para la subsistencia de las comunidades locales, al ser un sitio de desove y crianza de peces como el Robalo (Centropomus undecimalis) y el Sábalo rayado (Prochilodus lineatus). Además, cuenta con unos de los índices de cobertura de coral vivo más altos del caribe con la presencia de especies en estado crítico como el Coral cuerno de venado (Acropora cervicornis). Entre las principales amenazas al valor ecológico del sitio se encuentra el avance de la frontera agrícola para el cultivo de la Palma africana (Elaeis guineensis), así como la pesca incontrolada.