Un système lagunaire et estuarien situé dans la zone urbaine de la ville de Puerto Cortés sur la côte nord. Il fait partie du système récifal méso-américain qui s’étend du Mexique au Honduras et qui est considéré comme l’une des sept merveilles sous-marines du monde. Le site joue un rôle fondamental dans la connectivité entre les espèces et dans le maintien du cycle hydrologique des 13 bassins versants et micro-bassins qui produisent de l’eau dans le pays. Il fournit abri et habitat à diverses espèces de poissons menacées telles que le mérou rayé (Epinephelus striatus), classé En danger critique d’extinction, et deux espèces classées Vulnérables, un gobie (Coryphopterus hyalinus) et le mérou géant (Epinephelus itajara). La Laguna de Alvarado est également une source essentielle de nourriture pour les communautés locales, car c’est une zone de frayère et de reproduction pour des poissons tels que le brochet de mer (Centropomus undecimalis) et le prochilode rayé (Prochilodus lineatus). En outre, elle présente parmi les taux de couverture de coraux vivants les plus élevés des Caraïbes, avec la présence d’espèces En danger critique d’extinction telles que le corail corne de cerf (Acropora cervicornis). L’expansion de la culture du palmier à huile (Elaeis guineensis) et la pêche non contrôlée comptent parmi les menaces pesant sur la valeur écologique du site.