El Sitio es el mayor humedal continental del país y uno de los más extensos de América Central. Su ubicación, donde confluyen sistemas de agua dulce y salada y se juntan dos regiones biogeográficas, fomenta una diversidad biológica excepcional y una gran variedad de ecosistemas, incluyendo manglares, pantanos y ríos estacionales y permanentes. El humedal proporciona un hábitat vital para el pez sierra común (Pristis pristis), en peligro crítico, así como muchas especies vulnerables como el pecarí labiado (Tayassu pecari), el pavón grande (Crax rubra), el águila harpía (Harpia harpyja) y el cocodrilo de río (Crocodylus acutus). También alberga poblaciones de felinos silvestres incluidos en el Apéndice 1 de la CITES, entre ellos, el ocelote (Leopardus pardalis) y el jaguarundi (Herpailurus yagouaroundi). El Sitio tiene una función crucial en la protección de las comunidades cercanas frente a las inundaciones, al absorber el excedente de agua en mareas altas y lluvias intensas. También es una zona clave de reproducción y cría para especies de peces de importancia comercial, entre ellas, el congo besudo (Cathorops tuyra), el róbalo serrano (Centropomus unionensis) y la corvina blanca Cynoscion albus), que proporcionan alimento e ingresos para las comunidades locales. Además de su importancia ecológica, el humedal también sustenta la investigación científica, el ecoturismo y las tradiciones culturales conservadas por el pueblo Emberá y las comunidades afrodescendientes.