El lago Balaton es el mayor lago de agua dulce de Europa Central y en sus orillas hay praderas pantanosas y grandes lechos de carrizo. El lago alberga grandes poblaciones de especies vegetales y animales que son importantes para mantener la diversidad biológica de la región biogeográfica panónica. Durante la época de migración y de invernada, el sitio es un importante lugar de descanso para más de 30.000 patos, gansos y fochas, entre las que figuran más del 1 % de las poblaciones invernantes europeas de varias especies. Las aguas del lago Balaton contienen aproximadamente 2.000 especies de algas y constituyen importantes zonas de desove y crecimiento para los peces. El sitio es el único refugio del escarabajo acuático de las hojas de la especie Macroplea mutica en el suroeste de Europa. Algunas de las actividades humanas tradicionales son la pesca y la extracción de carrizo, y el lago también es una importante zona de recreo en Europa Central. Existen 12 centros de información y más de 20 senderos de naturaleza alrededor del lago. Las principales amenazas que afectan a las características ecológicas del sitio están relacionadas con la extracción insostenible de carrizo, la construcción de puertos para la navegación y casetas para el desembarco de pescado, la práctica de los deportes de motor y la eutrofización provocada por la utilización de fertilizantes. La calidad del agua del lago ha mejorado en los últimos 20 años conforme se ha ido reduciendo considerablemente el nivel de eutrofización. El plan de gestión hídrica de la cuenca del lago Balaton se aprobó en 2010.