El puerto de Cork forma parte de un sistema de bahías protegidas con varios estuarios fluviales. El Sitio consta de cuatro llanuras intermareales de lodo y arena separadas. El régimen de mareas es complejo, ya que los bajos de lodo se inundan y vacían rápidamente en lugar de seguir un ciclo normal de mareas de 12 horas. Estos hábitats acogen regularmente 20.000 aves acuáticas invernantes, lo que la convierte en uno de los cinco principales sitios de aves acuáticas de Irlanda. Se puede encontrar allí más del 1% de la población regional de aguja colinegra (Limosa limosa). El lugar proporciona un hábitat de alimentación y descanso para el porrón común (Aythya ferina) y el zampullín cornudo (Podiceps auritus), dos especies vulnerables. La contaminación es una de las mayores amenazas: el puerto de Cork es un importante puerto marítimo y el cuartel general de la Armada irlandesa, mientras que las industrias farmacéutica, electroquímica y petroquímica están establecidas en la orilla, lo que lo convierte en el estuario más industrializado de Irlanda. Se están elaborando planes para mejorar las instalaciones de alcantarillado en la parte baja del puerto para mejorar la calidad del agua.